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1.帮助营养物质的消化吸收
许多益生菌株在胃肠道内可产生消化酶，这些酶可帮助人体更好地消化所摄入的食品及吸收食品中的营养成分。益生菌还可竞争性抑制有害微生物吸收营养物质及进入血液循环系统。嗜酸乳杆菌是这方面的代表菌株，可分泌消化乳糖的乳糖酶，从而缓解乳糖不耐症。
2.产生重要的营养物质
益生菌能产生维生素，包括泛酸、尼克酸、B1,B2,B6及维生素K等，同时能产生短链脂肪酸、抗氧化剂、氨基酸等等，对骨骼成长和心脏健康有重要作用。
3.抵抗细菌病毒的感染，提升免疫通过三大步骤，益生菌可清除有害菌对身体的伤害：
1.)抑制有害菌的生长。益生菌通过产生杀灭有害菌的化学物质，及与有害菌竞争空间和资源而遏制它们的生长。
2.)抑制有害菌产生毒素。
3.)清除有害菌产生的毒素。
