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免疫是人或动物在历史进化过程中，形成的一种保护自己、排出异己的重要生理功能。一般微生物进入人体内，由于免疫作用而产生抗体，人体就可以排斥这些微生物。但是，人体对正常的生理菌像然健环球乳酸菌类，通常不会引起产生排斥它的抗体，相反，生理菌有促进人体的免疫功能。这些细菌进入肠道以后会刺激肠道的免疫系统、淋巴组织，从而产生分泌性抗体——免疫球蛋白A(IgA)，而IgA对疾病及致病菌的入侵有抵抗作用。不仅如此，更重要的有益菌能激活T细胞的非特异性免疫功能，引起中性粒细胞、巨噬细胞增值及促进NK细胞(自然杀伤细胞)，并能诱发产生多种细胞因子如干扰素、白介素、肿瘤坏死因子(TNF)等，增强了抗感染、抗细胞突变、抗肿瘤、防衰老的能力。
上述的免疫促进功能，不仅是活菌具有，死菌、菌体破碎后细胞壁分离物、细胞质提取液和发酵液也具有。这也就是微生态制剂能提高人体免疫力的原理。
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