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导致房颤发生的原因有多种，如心肌细胞代谢紊乱、心房电重构造成离子通道的紊乱、自主神经功能失常以及心房的纤维化等等。目前的治疗药物只是针对房颤发生的某种原因，如心律平、胺碘酮等只能影响某种离子通道，不能改善心肌纤维化和自主神经功能，所以目前房颤的根治率小于1%。
房颤的病因治疗至关重要，积极治疗原发性心脏病才容易使房颤转复为窦性心律，并使之转复后长期维持，即使不能治愈病因，能解除血流动力学异常也很重要。
在缺血性心脏病、高血压性心脏病、心肌病等所致房颤者，当心肌缺血改善，心衰纠正，血压控制良好的情况下，房颤转复的机会增加，并能长时间维持窦性心律。风湿性心脏病二尖瓣狭窄并房颤患者，实行手术去除病因后许多患者能在复律后长期维持窦性心律。
