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从痰液或经纤支镜刷取物以及支气管灌洗液的镜检和病原体培养，活检肺组织以及血清学检查等有助于辨明感染的病原体。
(一)细菌性肺炎
1、需氧革兰染色阳性球菌，如肺炎链球菌(即肺炎球菌)、金黄色葡萄球菌、甲型溶血性链球菌等。
2、需氧革兰染色阴性菌，如肺炎克雷白杆菌、流感嗜血杆菌、埃希大肠杆菌、绿脓杆菌等。
3、厌氧杆菌如棒状杆菌、梭形杆菌等。
(二)病毒性肺炎 如腺病毒、呼吸道合胞病毒、流感病毒、 麻疹病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒等。
(三)支原体肺炎 由肺炎支气体引起。
(四)真菌性肺炎 如白色念珠菌、曲菌、放线菌等。
(五)其他病原体所致肺炎 如立克次体(如Q热立克次体)、衣原体(如鹦鹉热衣原体)、弓形体(如鼠弓形体)、原虫(如卡氐肺孢子虫)、寄生虫(如肺包虫、肺吸虫、肺血吸虫)等。机体免疫力低下者(如艾滋病患者)容易伴发肺部卡氏肺包子虫、军团菌、鸟形分支杆菌、结核菌、弓形体等感染。
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