长期消化不良会造成营养缺乏、胃肠疾病、睡眠障碍以及心理问题等诸多不良后果。要是消化不良的情况一直拖着，食物没办法被充分消化、分解，身体吸收营养就变得困难，时间一长，人就容易营养不良，像贫血、骨质疏松这类问题说不定就冒出来了。胃肠道一直处在这种消化不好的压力下，胃炎、肠炎、胃肠溃疡等疾病很容易找上门，胃肠功能也会变得紊乱。到了晚上，消化不良引发的腹部难受劲儿，会搅得人睡不好觉，入睡难，睡着了还多梦、容易醒。与此同时，长时间身体不舒服，人心里就容易滋生焦虑、抑郁之类的负面情绪，心理健康受影响。
