长期消化不良有可能引发胃炎、胃溃疡、肠炎、贫血、胆结石以及胃肠功能紊乱症。食物若长时间滞留在胃里，就会持续刺激胃黏膜，使得胃黏膜受损，进而容易诱发胃炎与胃溃疡。当肠道长期承受过重负担，肠道内的菌群就会失衡，肠炎便随之而来。长期消化不良还会造成营养吸收不佳，身体缺乏必要营养，时间一长，就可能患上贫血。由于消化缓慢，胆汁在胆囊里淤积，胆结石就有了产生的风险。另外，胃肠蠕动也会陷入混乱，胃肠功能紊乱症便可能出现。
