长期便秘通常要做粪便检查、直肠指检、结肠镜检查和胃肠传输试验。粪便检查能查看粪便形状、颜色、成分，排查潜血、寄生虫等异常，初步判断肠道健康与否。直肠指检时，医生直接触摸直肠，查有无肿物、狭窄等异常，这对发现直肠病变很重要。结肠镜检查可看清直肠到回盲部大肠内部，肠道息肉、炎症性肠病等都能被发现。胃肠传输试验让患者吞标记物，观察其在胃肠内运动，判断胃肠蠕动功能，助于找出便秘原因。
